清初，茶这种健康饮品从华南与蒙古销往世界，但天花这种毁坏人类健康的疾病也快速侵入中国。这两种势力在中国的相遇，考验了中华帝国的承受力。
康熙一般被评价为有雄才大略并平定准噶尔叛乱的君主，但大多数人都知道，康熙之所以能成为皇位继承人，一个主要的原因是他患过天花。众所周知，患过天花的人不会再患此病。可见，天花是清皇室的最大噩梦。据说顺治就是死于天花。据《汤若望传》一书记载，“如同一切满洲人一般，顺治对于痘症有一种极大的恐惧，因为这在成人差不多也总是要伤命的。在宫中特为奉祀痘神娘娘，另设有庙坛。或许是因他对于这种病症的恐惧，而竟使他真正染上了这种病症。”
这种恐惧并非空穴来风：顺治七年（1650年），多位贵族死于痘疹，德亲王多铎、英亲王阿济格的两位福晋，都是因此病而亡。多铎1649年三月初十生病，十八日就病死了;四月十七日，孝端皇太后估计也死于来势凶猛的痘疹。另据史书统计，顺治三年（1646年）至十八年（1661年）中，皇室、宗室内的亲王、郡王去世者達20人之多，这些现象也可能与天花的流行有关。
顺治患病期间，传教士汤若望很快就帮孝庄皇太后和顺治下定了决心：立皇三子康熙为太子。理由简单而充分——康熙已出过天花，有终身免疫力。
康熙虽然没有死于天花，但脸上有麻子。这方面的细节在中文史料中不多见，但在《十七世纪俄中关系》史料中俄罗斯使节留下了观感：“汗（指康熙）坐在御座中央，人很年轻，脸上有些麻子，人家说的确实，他是二十三岁。”
从1690年到1697年，康熙亲征准噶尔汗国。远在漠西的这支蒙古部落，因为垄断了与俄罗斯的茶叶贸易，聚集了几十年的财富，经过噶尔丹父子的经营，势力强大，西至撒马尔罕，南达拉萨。
经过七年征战，噶尔丹自杀。但根据耶鲁教授濮德培2005年出版的《西征：大清帝国对中亚的征服》一书披露，噶尔丹实际上死于天花。这部厚达752页的巨著表明，蒙古人、满族人在与汉人接触之前，较少发生天花;满族虽然获得了天下，但天花让他们深感恐惧，康熙因此大力推广汉族医学中治愈天花的办法。
魏源虽然说噶尔丹由于绝望，“仰药自尽”。濮德培在蒙古文、满文与汉语史料中发现，清朝集团改动的一些历史数据表明，由于信息传递滞后，在康熙进行最后一次的轰轰烈烈的远征之前，噶尔丹已经死去，这让康熙颇感尴尬。于是，历史是这样书写的：康熙大军到达准噶尔，噶尔丹深感绝望，绝望自杀。这里的绝望是康熙多次预言过的，所以必然要发生。
魏源也透露了更真实的数据：死于天花疫情的准噶尔汗国的臣民占其人口总数的40%。刚刚从古代崛起的准噶尔面临的是中俄两国的热兵器以及他们闻之变色的天花。
在那段被人遗忘的恐怖时期中，准噶尔汗噶尔丹策零1740年与清议和的时候就避免经过哈密和肃州;藏人也避免经过汉地。
1689年，清朝与俄国签订了《尼布楚条约》，稳定了与俄罗斯的关系。1727年，两国又签订了《恰克图条约》，将茶叶贸易收回。
1745年，噶尔丹策零死后，准噶尔爆发了大面积天花瘟疫，大概30%的人死亡。1755年，当乾隆发动对准噶尔最后一次远征，另一场瘟疫爆发。最后反抗满人统治的蒙古汗阿睦尔撒纳也死于天花。1757年（清乾隆二十二年），准噶尔平定。起源于茶叶贸易、终于天花和战争的准噶尔汗国在历史中消失了。
在这场战争、茶叶贸易与天花交织的时代，广州十三行的茶商开始引进更先进的医疗技术——种牛痘。
中国的人痘技术很先进，但也有瑕疵——接种后有可能不出痘，无法获得免疫力;而出痘过多又等于人为感染天花，存在一定风险一所以并没有大规模推广。
1796年，英国乡间为人种痘的医生琴纳观察到，养牛场工人接触患牛天花的病牛后，身上局部也会出痘;然而这种天花病情很轻，容易痊愈。经过实验，安全的牛痘接种术诞生了。欧洲各国马上推行了牛痘术。
1805年春，英国东印度公司外科医生皮尔逊在澳门获得了牛痘苗，开始为中国人接种牛痘。他写作的《英咭唰国种痘奇书》被十三行商人读到了。
1810年，皮尔逊委托友人再次从南洋运来痘苗。痘苗难以保存，他们在船上载着若干个小孩，一个接一个地接种，将痘种带到广东。为了让难得的痘苗不再中断，这次洋行商人给予了大力支持。《南海县志》载：“洋行商人伍敦元、潘友度、卢观恒，合捐数干金于洋行会馆，属邱、谭二人传种之，寒暑之交，有不愿种者，反给以资，活婴无算。”
郑崇谦是积极推行施种牛痘的佼佼者。他于嘉庆二十年（1815年）在广州十三行街的行商公所开设诊所，施种牛痘，请皮尔逊在一旁指导和监督。
1828年，十三行行商潘仕成在北京宣武门外上斜街南海邑会馆设牛痘局，北京医生争相到馆学习。从此以后，种牛痘防天花医术遂传播中国各地。潘仕成在在广州所建别墅“海山仙馆”号称岭南第一名园，今已荡然无存，遗迹为荔湾湖公园。
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